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试管婴儿自1978年诞生，多年来试管婴儿宝宝的健康问题一直是大家关注的重点，经过时间的验证，各种调查数据显示，试管婴儿和自然受孕的宝宝是一样的。从生物学上讲，精卵自然结合的试管婴儿和自然受孕婴儿无任何差别，孩子在智力、体力方面是相同的。此外，世界范围的研究表明，由试管婴儿分娩出生的婴儿其畸形的危险性并不比正常分娩出生的婴儿畸形的危险性高。任何自然妊娠中发生的胎儿畸形均可发生在试管婴儿中。
从我国国家卫生部统计的数据来看，试管婴儿与自然怀孕出生的缺陷是没有显著差异的。目前根据各国学者的研究表明,试管婴儿与其他自然怀孕的孩子的智商应该是没有差异的;而试管婴儿多胎的发生率要高于自然怀孕的,所以这些多胎导致的早产、低体重等并发症也要高。
试管婴儿专家介绍，如今全球第一例试管婴儿路易斯已经结婚，同时还自然生育出了健康的孩子，目前来说，我国的试管婴儿每年出生的孩子占据新生儿的比例是非常低的，这个数据要远远的低于部分欧洲国家的5%的比例。
试管婴儿与普通婴儿的区别，主要在于受孕方式的不同，自然受孕婴儿是在输卵管内受孕，然后在子宫着床妊娠，而试管婴儿是卵子与精子分别取出后在实验室进行受精，然后将胚胎移植到女性子宫内，试管婴儿和自然受孕的宝宝一样，都需经过十个月的生长发育，顺利分娩。
有些文献报道，试管婴儿可能会出现新生儿某些类型的缺陷发生率增加，这其实并没有理论依据。不过不少不孕不育夫妇还是不明白试管婴儿和正常受孕的宝宝有什么区别。
所以，现在我们国家一直在努力避免试管婴儿多胎的发生，要求避免双胎、严禁三胎的发生。但是有一部分试管婴儿的遗传疾病可能会高于自然怀孕的孩子，那就是由于遗传缺陷导致不孕的男性通过试管婴儿方法得到了男性后代。比利时科学家研究发现这些男性通过ICSI方法生育的试管婴儿的遗传缺陷要高出7%，其中以尿道下裂最多见。而其它国家的文献没有这么高的报道。所以，通过试管婴儿的方法生育的孩子总体是安全的，对可能产生的风险在进行试管婴儿治疗前医生会进行评估后详细告知的。